２００１年２月
財団法人京都市環境事業協会設立

２００２年４月
京都市環境保全活動センター（以下、「京エコロジーセンター」）の運営開始（管理受託）

２００６年４月
京エコロジーセンター指定管理者制度導入

２０１４年４月
公益財団法人移行とともに公益財団法人京都市環境保全活動推進協会へ名称変更

２０１９年４月
公益財団法人京都市環境保全活動推進協会、「京都市ごみ減量推進会議」、「京のアジェンダ２１フォーラム」の３団体が団体統合（公益財団法人京都市環境保全活動推進協会を母体とし、ごみ減量課、アジェンダ課を事業部に設置）